3.6 检测 MPI 的并行环境
NOTE : 此示例代码可以在 https://github.com/dev-cafe/cmake-cookbook/tree/v1.0/chapter-03/recipe-06 中找到,包含一个 C++和一个 C 的示例。该示例在 CMake 3.9 版(或更高版本) 中是有效的,并且已经在 GNU/Linux、macOS 和 Windows 上进行过测试。 https://github.com/dev-cafe/cmake-cookbook/tree/v1.0/chapter-03/recipe-06 中也有一个适用于 CMake 3.5 的 C 示例。
消息传递接口(Message Passing Interface, MPI),可以作为 OpenMP(共享内存并行方式) 的补充,它也是分布式系统上并行程序的实际标准。尽管,最新的 MPI 实现也允许共享内存并行,但高性能计算中的一种典型方法就是,在计算节点上 OpenMP 与 MPI 结合使用。MPI 标准的实施包括:
- 运行时库
- 头文件和 Fortran 90 模块
- 编译器的包装器,用来调用编译器,使用额外的参数来构建 MPI 库,以处理目录和库。通常,包装器
mpic++/mpiCC/mpicxx
用于 C++,mpicc
用于 C,mpifort
用于 Fortran。 - 启动 MPI:应该启动程序,以编译代码的并行执行。它的名称依赖于实现,可以使用这几个命令启动:
mpirun
、mpiexec
或orterun
。
本示例,将展示如何在系统上找到合适的 MPI 实现,从而编译一个简单的“Hello, World”MPI 例程。
准备工作
示例代码( hello-mpi.cpp
,可从 http://www.mpitutorial.com 下载) 将在本示例中进行编译,它将初始化 MPI 库,让每个进程打印其名称:
#include <iostream> #include <mpi.h> int main(int argc, char **argv) { // Initialize the MPI environment. The two arguments to MPI Init are not // currently used by MPI implementations, but are there in case future // implementations might need the arguments. MPI_Init(NULL, NULL); // Get the number of processes int world_size; MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size); // Get the rank of the process int world_rank; MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank); // Get the name of the processor char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME]; int name_len; MPI_Get_processor_name(processor_name, &name_len); // Print off a hello world message std::cout << "Hello world from processor " << processor_name << ", rank " << world_rank << " out of " << world_size << " processors" << std::endl; // Finalize the MPI environment. No more MPI calls can be made after this MPI_Finalize(); }
具体实施
这个示例中,我们先查找 MPI 实现:库、头文件、编译器包装器和启动器。为此,我们将用到 FindMPI.cmake
标准 CMake 模块:
- 首先,定义了 CMake 最低版本、项目名称、支持的语言和语言标准:
cmake_minimum_required(VERSION 3.9 FATAL_ERROR) project(recipe-06 LANGUAGES CXX) set(CMAKE_CXX_STANDARD 11) set(CMAKE_CXX_EXTENSIONS OFF) set(CMAKE_CXX_STANDARD_REQUIRED ON)
- 然后,调用
find_package
来定位 MPI:find_package(MPI REQUIRED)
- 与前面的配置类似,定义了可执行文件的的名称和相关源码,并链接到目标:
add_executable(hello-mpi hello-mpi.cpp) target_link_libraries(hello-mpi PUBLIC MPI::MPI_CXX )
- 配置和构建可执行文件:
$ mkdir -p build $ cd build $ cmake .. # -D CMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx C++例子中可加,加与不加对于构建结果没有影响╭(╯^╰)╮ -- ... -- Found MPI_CXX: /usr/lib/openmpi/libmpi_cxx.so (found version "3.1") -- Found MPI: TRUE (found version "3.1") -- ... $ cmake --build .
- 为了并行执行这个程序,我们使用
mpirun
启动器(本例中,启动了两个任务):$ mpirun -np 2 ./hello-mpi Hello world from processor larry, rank 1 out of 2 processors Hello world from processor larry, rank 0 out of 2 processors
工作原理
请记住,编译包装器是对 MPI 库编译器的封装。底层实现中,将会调用相同的编译器,并使用额外的参数(如成功构建并行程序所需的头文件包含路径和库) 来扩充它。
编译和链接源文件时,包装器用了哪些标志?我们可以使用 --showme
选项来查看。要找出编译器的标志,我们可以这样使用:
$ mpicxx --showme:compile -pthread
为了找出链接器标志,我们可以这样:
$ mpicxx --showme:link -pthread -Wl,-rpath -Wl,/usr/lib/openmpi -Wl,--enable-new-dtags -L/usr/lib/openmpi -lmpi_cxx -lmpi
与之前的 OpenMP 配置类似,我们发现到 MPI 的链接非常简单,这要归功于 FindMPI
模块提供的目标:
正如在前面的配方中所讨论的,对于 CMake 版本低于 3.9,需要更多的工作量:
add_executable(hello-mpi hello-mpi.c) target_compile_options(hello-mpi PUBLIC ${MPI_CXX_COMPILE_FLAGS} ) target_include_directories(hello-mpi PUBLIC ${MPI_CXX_INCLUDE_PATH} ) target_link_libraries(hello-mpi PUBLIC ${MPI_CXX_LIBRARIES} )
本示例中,我们讨论了 C++项目。其中的参数和方法对于 C 或 Fortran 项目同样有效。
绑定邮箱获取回复消息
由于您还没有绑定你的真实邮箱,如果其他用户或者作者回复了您的评论,将不能在第一时间通知您!
发布评论